Fernando Velázquez comenzó sus estudios musicales en los conservatorios de su localidad natal, Guecho, trasladándose posteriormente a Bilbao y Vitoria. Realizó sus estudios de composición en París y Madrid, comenzando su carrera como compositor de bandas sonoras en 1999. Colaboró en 2002 con Juan Antonio Bayona en El hombre esponja y en todas sus películas de este cineasta o con Nacho Vigalondo en 7:35 de la mañana (2003), despegando en 2006 con largometrajes como El síndrome de Svensson de Kepa Sojo y Bosque de sombras de Koldo Serra y al siguiente año con El orfanato de Guillermo del Toro, que le generó sus primeros reconocimientos.
Desde el 2007 a realizado diferentes trabajos para series de televisión y cine como Gominolas, Lope del director brasileño Andrucha Waddington y a Los ojos de Julia de Guillem Morales producida por Guillermo del Toro y más recientemente con Andrés Muschietti en Mamá, Zipi y Zape y el club de la canica, Ocho apellidos vascos y Hércules en 2014 y ganador de un Goya en 2017 por la mejor música original de la película Un monstruo viene a verme, estrenada en 2016 y dirigida por Juan Antonio Bayona.
Como director de orquesta ha dirigido a la Orquesta Sinfónica de Euskadi, la Orquesta y Coro de la Comunidad de Madrid, la London Metropolitan Orchestra, la Sinfónica de Málaga, la Sinfónica de la Radio de Budapest,? la Real Orquesta Sinfónica de Sevilla y la Orquesta Sinfónica de Bilbao.
