El Museo de Jaén, de titularidad estatal gestionado por la Junta de Andalucía, surge en 1969 de la fusión del Museo Provincial de Bellas Artes de Jaén y del Museo Arqueológico Provincial, abriendo sus puertas en el actual emplazamiento del Paseo de la Estación en 1971. Se ubica en un palacio de inicios del S. XX, y se completa con otros dos edificios que conforman la sede.

Además de los espacios dedicados a las exposiciones permanentes del recinto, el Museo cuenta con dos salas de exposiciones temporales, situadas en un edificio anejo dentro del mismo, y el patio de San Miguel, en el edificio principal, centrado, cubierto y destinado al mismo fin, denominado así por estar ubicado en él la portada de la iglesia del mismo nombre atribuida a Andrés de Vandelvira.