Los CEP en Andalucía tienen un doble origen, por un lado a finales de los 70 y principios de los 80, existían los Movimientos de Renovación Pedagógica, con fuerte implantación en Andalucía, que representaban los aires de aquel tiempo de apertura, libertad, optimismo, actualización, puesta al día, organizaban actividades de formación y la Consejería de Educación recogió la inquietud de estos movimientos.

Por otro lado, la Junta de Andalucía creó los Centros de Recursos destinados a dar cobertura a centros rurales con menos de cuatro unidades, donde los maestros acudían a hacer fotocopias, recoger material audiovisual, etc. Para utilizarlo en sus aulas, lo que propició que la gente dispersa tuviera un lugar físico donde reunirse.

En el curso escolar 1985/86 se crearon el CEP de Motril en Granada y el de Antequera en Málaga donde se pusieron en experimentación las nuevas andaduras de formación que había, programa de seminarios permanentes, proyectos de investigación en el aula, cursos de formación propuestos por colectivos que acogían las Delegaciones provinciales, etc. Dejando atrás el tipo de formación que daban los ICE.

A partir del año 1986 empezaron a salir en el BOJA la creación de distintos CEP por todas las provincias y comarcas de Andalucía, el de Guadix en el BOJA de 2 de mayo de 1987.En un principio los CEP tenían dos asesorías con dotación específica de material, las llamadas DIN y DERE (departamentos de informática y recursos audiovisuales), el resto de asesorías sin cuantificar, pues según necesidades, había más o menos.

Durante los diez años siguientes fue un periodo de implantación entre el profesorado donde se dinamizó, se dio a conocer entre el profesorado a la vez que se hacían muchísimas actividades de formación y de todo tipo tanto de autoformación, proyectos de innovación y se acogía todo lo que el profesorado demandaba.

En 1992 se publica el primer Plan Andaluz de Formación y en 1997 el Decreto 194/1997, refleja la primera reestructuración de los CEP en Andalucía, donde lo más importante que reseñar es la supresión de todas las Aulas de Extensión de los CEP, el CEP de Guadix tenía un Aula en la localidad de Guadahortuna donde había permanentemente un asesor de audiovisuales.

En el año 2002, se publica el II Plan Andaluz de Formación del Profesorado que junto con el Decreto 110/2003 por el que se regula el sistema andaluz de formación conformaba la red de formación y funcionamiento de los CEP en Andalucía. Cada curso escolar entre los meses de mayo y junio se hacía el plan de formación del curso siguiente atendiendo a dos realidades: las necesidades del profesorado de una parte y por la otra las que nos indica la Consejería de Educación.

En el año 2014, se aprueba el III Plan Andaluz de Formación Permanente del Profesorado (BOJA 02-09-2014), que regula la actual red de formación de los CEP de Andalucía.

Actualmente el equipo técnico de formación del Centro del Profesorado de Guadix está constituido por su director y las cinco asesorías que dispone el centro (infantil, dos de primaria, secundaria ámbito lingüístico y secundaria ámbito científico tecnológico).