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De acuerdo con lo establecido en la Ley 9/2007, de 22 de octubre, de la Administración de la Junta de Andalucía, las agencias de régimen especial son entidades públicas a las que se atribuye la realización de actividades de promoción, prestacionales, de gestión de servicios públicos y otras actividades administrativas, siempre que se les asignen funciones que impliquen ejercicio de autoridad que requieran especialidades en su régimen jurídico.

Las agencias de régimen especial se rigen por el Derecho Administrativo, sin perjuicio de la aplicación del Derecho Privado en aquellos ámbitos en que su particular gestión así lo requiera. En todo caso se rigen por Derecho Administrativo en las cuestiones relacionadas con la formación de la voluntad de sus órganos y con el ejercicio de las potestades administrativas que tengan atribuidas y en los aspectos específicamente regulados en la Ley 9/2007, de 22 de octubre, de la Administración de la Junta de Andalucía, en sus estatutos, en el Texto Refundido de la Ley General de la Hacienda Pública de la Junta de Andalucía y demás disposiciones de general aplicación.

Las agencias de régimen especial se adscriben a la Consejería competente por razón de la materia, aunque excepcionalmente pueden adscribirse a una agencia administrativa o de régimen especial cuyo objeto consista en la coordinación de varias de ellas.

La actuación de las agencias de régimen especial se produce con arreglo al plan de acción anual, bajo la vigencia y con arreglo al pertinente contrato plurianual de gestión, que define los objetivos a perseguir, los resultados a obtener y, en general, la gestión a desarrollar, así como los recursos personales, materiales y presupuestarios a aportar para la consecución de los objetivos, los efectos asociados al grado de cumplimiento de los objetivos establecidos por lo que hace a exigencia de responsabilidad por la gestión de los órganos ejecutivos y el personal directivo, así como el montante de masa salarial destinada al complemento de productividad o concepto equivalente del personal laboral y los demás extremos que se establezcan mediante Orden conjunta de las Consejerías competentes en materia de Administración Pública y de Hacienda.

En el seno de las agencias de régimen especial se ha creado una comisión de control, cuya composición se determina en los estatutos, a la que corresponde informar sobre todos aquellos aspectos relativos a la gestión económico-financiera que deban conocer los órganos de gobierno de la agencia y que se determinen en los estatutos.
En cuanto al régimen presupuestario, el artículo 73 de la Ley 9/2007, de 22 de octubre, de la Administración de la Junta de Andalucía, establece que “El Presupuesto de gastos de las Agencias de Régimen Especial tiene carácter limitativo por su importe global y carácter estimativo para la distribución de los créditos en categorías económicas, con excepción de los correspondientes a gastos de personal que en todo caso tienen carácter limitativo y vinculante por su cuantía global”.

En la Cuenta General correspondiente al ejercicio 2011 se incluyen las cuentas de la Agencia Tributaria de Andalucía, agencia de régimen especial en virtud de lo dispuesto en el artículo 1 de su Ley de creación.
El artículo 27.1 de la mencionada Ley establece que la Agencia está sometida al régimen de contabilidad pública, de acuerdo con lo establecido en el Título VI del TRLGHP.

Mediante Resolución de 25 de enero de 2010, de la Intervención General de la Junta de Andalucía, por la que se dictan normas relativas al régimen de contabilidad de esta Agencia se estableció que la gestión contable y la rendición de cuentas de esta Agencia, tanto la derivada de la ejecución de su presupuesto como la gestión de los tributos de la Junta de Andalucía y de otras entidades que se le encomiende, se rige por lo dispuesto en la Orden de 7 de junio de 1995, de la Consejería de Economía y Hacienda, por la que se regula la contabilidad pública de la Junta de Andalucía, sin más especialidades que las que deriven de la aplicación su propia Ley de creación y de sus Estatutos.

De acuerdo con la citada Orden, las cuentas anuales correspondientes al ejercicio 2011, comprenden: el Balance, la Cuenta del resultado económico-patrimonial, el Resultado Presupuestario del ejercicio y la Memoria en la que se incluyen Estado de la Tesorería, el Remanente de Tesorería, la Variación de Activos y Pasivos, el Cuadro de Financiación, así como los Estados de ejecución del presupuesto de ingresos y gastos y compromisos adquiridos con cargo a anualidades futuras.