Los Institutos están organizados en diferentes Servicios:

   Servicio de Clínica Forense, donde se estudian todas las cuestiones referentes a la salud relacionadas con los hechos seguidos desde los
Juzgados y Tribunales. Le corresponde la valoración pericial de los daños corporales que sean objeto de actuaciones procesales y control periódico de las personas lesionadas.

   Servicio de Patología Forense, en el que se lleva a cabo en investigación sobre las causas y circunstancias de la muerte en los casos de muertes violentas o en los que existan dudas sobre su etiología y, por tanto, sean sospechosas de tener un origen criminal.

   En los IMLs de Granada, Málaga y Sevilla existe, además, un Servicio de Laboratorio encargado de realizar todos los estudios complementarios necesarios en la investigación forense. Estos tres Servicios de Laboratorio dan cobertura al resto de los IMLs, y su desarrollo se ha planificado de forma progresiva debido a las características técnicas del tipo de estudios que se realizan en ellos.

   En atención al mayor número de casos en el IML de Sevilla existe también un Servicio de Psiquiatría Forense donde se llevan a cabo todas los peritajes médico legales sobre valoración psiquiátrica de ese Instituto de Medicina Legal.

   En todos los Institutos de Medicina Legal de la Comunidad Autónoma de Andalucía, existe una Unidad de Valoración Integral de Violencia de Género (UVIVG) integrada por personal médico forense, profesionales de la psicología y del trabajo social, quienes desarrollarán las funciones que le sean propias bajo la dirección y supervisión del médico forense encargado de la coordinación de la Unidad. A requerimiento del órgano judicial a la UVIVG le corresponde la valoración de la víctima, denunciado y menores.

En los IMLs en los que la casuística general y la complejidad de algunos de los casos suponen una mayor demanda, como ocurre en los Institutos de Málaga, Granada, Cádiz y Sevilla, existen una Sección de Policlínica en el Servicio de Clínica, y en su caso, una Sección de Histopatología en el Servicio de Patología.

La organización de los IMLs viene culminada por la Dirección del Instituto, encargada de asumir la organización y coordinación del trabajo entre los diferentes Servicios y Sedes, y por una Secretaría administrativa a la que corresponde la gestión administrativa, económica y de personal del IMLs.

Desde el punto de vista estructural, los IMLs se organizan en una Sede Central, situada en la capital de la provincia, y por una o varias Sedes Comarcales, localizadas en aquellas zonas de la provincia en que el volumen de trabajo justifica la existencia de una estructura permanente para prestar los diferentes servicios del IML. Junto a ello, los IMLs, tienen despachos clínicos en las cabeceras de los principales partidos judiciales de la provincia, gracias a ello, se presta una asistencia pericial de nivel básico en los casos de urgencias, o asuntos no complejos, evitando desplazamientos innecesarios para los usuarios.

En el desarrollo de las funciones desde los IMLs existen dos tipos de actuaciones:

Actuaciones Programadas

La mayor parte del trabajo se realiza por medio de la programación de las distintas actuaciones médico-forenses. Para proceder a la intervención médico-forense desde los diferentes órganos judiciales estos han de solicitarlo previamente al IML, designándose por este un día y una hora para proceder al estudio o al reconocimiento. En el caso concreto del reconocimiento inicial de lesionados la solicitud la pueden realizar directamente a través de una agenda electrónica de consultas informatizada y programada al efecto en cada IML. En las situaciones en que no sea posible acceder a la agenda informatizada, las solicitudes se pueden hacer directamente al IML.

 Actuaciones de Guardia

En cada una de las diferentes Sedes de los 8 IMLs existen Médicos Forenses en funciones de guardia para atender las situaciones que requieran una actuación urgente ante los distintos Juzgados de Guardia. En el momento actual hay 36 Médicos Forenses de guardia en el territorio andaluz. Los asuntos que con más frecuencia requieren la intervención médico-forense durante las guardias son los reconocimientos de las personas detenidas que son llevadas al Juzgado de Guardia, la valoración de quienes han sufrido algún tipo de agresión, destacando de manera muy especial los casos de violencia de género, y la investigación del cadáver y del lugar donde aparece algún fallecido en circunstancias violentas o sospechosas de criminalidad.