Murciélago ratonero patudo (Myotis capaccinii)
Las poblaciones ibéricas de murciélagos se presumen entre las más importantes de Europa. Hay que resaltar que en este contexto geográfico, Andalucía es de las principales áreas tanto por la cantidad como por la diversidad.
Se consideran murciélagos cavernícolas, aquellas especies que utilizan de forma regular cavidades como refugio diurno aunque sea con baja intensidad. En las últimas décadas, los animales, en general, para adaptarse a los cambios ambientales han tenido que transformar sus hábitos para poder sobrevivir en un medio que cada vez se hace más hostil. Los quirópteros, han sido capaces de aprovechar estructuras humanas en desuso como las minas, túneles, canalizaciones subterráneas, búnker incluso galerías de mantenimiento de presas, que ofrecen condiciones de humedad y temperatura muy similares a las naturales y que garantizan un reposo más seguro.
Los problemas de conservación y la ausencia de información en Andalucía, sobre todo en lo relativo a la situación de las poblaciones, motivaron la realización del proyecto de Inventario de refugios importantes de murciélagos cavernícolas en Andalucía entre 1993 y 2005, dando un total de 245 refugios importantes de colonias de cría e invernada. La mayoría los refugios están asociados a Sierra Morena, otros a las sierras Béticas y en menor medida a los sistemas de Sierra Nevada-Alpujarreño y las tierras áridas y semidesiertas de Granada y Almería.
El Seguimiento de los refugios importantes de murciélagos cavernícolas de Andalucía se integra en el Programa de emergencias, control epidemiológico y seguimiento de fauna silvestre de Andalucía y se realiza en dos vueltas, una en 2006 y otra en 2010. En este seguimiento se analiza la evolución de las colonias de cría y se revisa la categoría de amenaza, se valora el estado de conservación de los refugios que las albergan y se define mejor la composición especifica de las poblaciones reproductoras. También se reportan las incidencias, amenazas y recomendaciones, fundamentales para la elaboración de los Planes de Conservación de las especies amenazadas.
Las características demográficas de los quirópteros, con una baja tasa reproductora (una, o excepcionalmente dos crías al año), madurez sexual tardía (2-3 años para algunas especies) y gran longevidad, hacen que sus poblaciones no estén preparadas para sufrir descensos de tipo catastrófico, lo que implica una recuperación muy lenta. Por otra parte, son animales muy gregarios, que están expuestos a sufrir eventos de baja probabilidad que pueden afectar a un número importante de individuos.
El estado de conservación de la mayor parte de los murciélagos es precario a consecuencia, principalmente, de los cambios que han sufrido los ecosistemas en las últimas décadas, que han ocasionado una importante pérdida de refugios naturales, aunque hay que señalar que muchas colonias de quirópteros han encontrado cobijo en estructuras artificiales como edificaciones, presas o túneles.
Tabla de los quirópteros cavernícolas de Andalucía:
| Nombre común | Nombre científico | Categoría de amenaza en Andalucía |
| Murciélago mediterráneo de herradura | Rhinolophus mehelyi | Vulnerable |
| Murciélago ratonero patudo | Myotis capaccinii | En peligro |
| Murciélago grande de herradura | Rhinolophus ferrumequinum | Vulnerable |
| Murciélago mediterráneo de herradura | Rhinolophus euryale | Vulnerable |
| Murciélago pequeño de herradura | Rhinolophus hipposideros | LESPE |
| Murciélago ratonero grande | Myotis myotis | Vulnerable |
| Murciélago ratonero mediano | Myotis blythii | Vulnerable |
| Murciélago ratonero pardo | Myotis emarginatus | Vulnerable |
| Murciélago ratonero gris | Myotis escalerai | Vulnerable |
| Murciélago de cueva | Myotis schreibersii | Vulnerable |
| Murciélago orejudo gris | Pleocotus austriacus | LESPE |
| Murciélago ratonero | Myotis daubentonii | LESPE |
Cartel en Santiago Grande y Santiago Medina
Las estimas de las tendencias poblacionales de las distintas especies que albergan estos refugios se realizan mediante censos periódicos (cada 2 ó 3 años) de las colonias de crías. Los censos de las colonias de reproducción se deben realizar en el exterior del refugio, al atardecer cuando los murciélagos emergen de la cavidad, mediante una cámara de vídeo con iluminación infrarroja acoplada a un detector de ultrasonidos. La grabación es analizada posteriormente en la oficina, simultáneamente visualizando a la vez, la imagen a través de un monitor de TV y el sonido mediante un Sonógrafo (Kay DPS 5500) o bien con el programa Bat Sound en cuya pantalla se representa la imagen sonográfica (sonograma) específica de cada especie.
Se observa si el refugio no presenta ninguna incidencia o si, por el contrario, se observa desaparición de colonias, molestias por visitas (turismo, recreativas, de deporte), obstrucción de la entrada a la cavidad (por la vegetación, por agua, o por desprendimientos en el interior o exterior del refugio), o actos vandálicos a los cerramientos. También se detectan las amenazas potenciales como el hecho de ser un lugar de interés arqueológico, turístico, de deportes, riesgo de quedar obstruido o riesgo inminente de rehabilitación del edificio que ocupan.
La Consejería en colaboración con los propietarios, lleva a cabo obras de mejora de los refugios y su entorno que consisten en aislar la entrada o el perímetro, retirar los escombros y la vegetación que dificultan el acceso, instalación de cerramientos y carteles informativos que permita compatibilizar la conservación de las especies amenazadas con el desarrollo sostenible.
En 2006, 18 refugios de los inventariados como importantes, fueron declarados como Lugar de interés Comunitario (LIC).
Equipo de grabación en cueva "La Gitana"
En 2007 la Junta participó en el ESPARC 2007 (Congreso de los técnicos y responsables de los espacios naturales protegidos españoles), celebrado en Santa Cruz de Tenerife. En 2008, la Junta de Andalucía en las Jornadas para la Conservación y Gestión de los Quirópteros, celebradas en Cáceres.
En 2010 la Junta participó en la III Jornadas de la SECEMU (Asociación Española para la Conservación y el Estudio de los Murciélagos), celebradas en A Coruña con la aportación del póster: "Resultados previos de las colisiones de quirópteros en los parques eólicos de la provincia de Cádiz". Y en 2011 participó en el X Congreso de la SECEM (Sociedad Española para la Conservación y el Estudio de los Mamíferos), celebrado en Málaga donde expuso el póster: “Tendencia de las poblaciones de murciélagos cavernícolas amenazados en la región andaluza”.