El Comité Andaluz de Humedales se reúne en sesión ordinaria, al menos, una vez por semestre y, con carácter extraordinario, en cualquier momento a iniciativa de sus miembros. También se contempla la posibilidad de organizar comisiones técnicas para temas puntuales, con el fin de agilizar su funcionamiento.
Todas las sesiones del pleno del Comité quedan recogidas en actas que la Consejería pone a disposición de los ciudadanos.
Nota: En 2019, el Comité Andaluz de Humedales, al igual que sucedió con la mayor parte de convocatorias de órganos colegiados de participación, se vio afectado por el procedimiento de renovación y nombramiento oficial de miembros, por lo que no pudo reunirse.