Plus de 95% de la ZSC fleuve Guadalquivir - section centrale est située dans la province de Cordoue, y compris certaines municipalités de Jaén et Séville, en particulier Lopera, Marmolejo, Adamuz, Almodovar del Río Bujalance, El Carpio, Córdoba, Fuente Palmera, Hornachuelos, Montoro, Palma del Río, Pedro Abad, Posadas, Villa del Río et Villafranca de Córdoba. La ZSC s'étend sur une superficie d'environ 2 549 ha et ne concerne pas toute la section centrale du fleuve Guadalquivir, mais plutôt deux parties différentes de celle-ci. La première section ou tronçon commence à 6 km en amont du centre urbain de Villa del Río et se dirige vers Las Quemadillas, à Cordoue ; et la deuxième section ou tronçon commence à 200 m du ruisseau Huerta de Valdehermoso, à Alameda del Obispo, et se termine à 3 km en aval de Peñaflor, laissant une zone libre à la hauteur de la ville de Córdoba. Dans la zone qui reste libre entre les deux sections qui composent la ZSC Fleuve Guadalquivir - Section Centrale se trouve le monument naturel Sotos de la Albolafia.

L'extrémité est de la ZSC est caractérisée par une végétation riveraine en galerie avec quelques forêts de saules et d'ormes. En aval, cette première bande de saules disparaît, laissant place à des forêts de peupliers et des tamaris. Plus bas, il y a aussi des sections avec des peupliers noirs, qui partagent l'espace avec des eucalyptus reboisés et des galeries de peupliers noirs de reboisement et de peupliers blancs. Vous pouvez également trouver des ormes au niveau des rives en bon état qui sont généralement très denses, parfois accompagnés de peupliers blancs. Dans la strate arbustive, on trouve des mûres et quelques plantes grimpantes comme le tamier commun et l'œnanthe safranée.

Concernant la faune, il y a une grande biodiversité. D'un côté, on trouve celle typique des berges, notamment un grand nombre d'espèces de limicoles et d'ardéidés, ainsi que différents rapaces, dont beaucoup sont classés comme menacés. Parmi les autres espèces pertinentes qui ne présentent pas d'intérêt communautaire et qui méritent une mention spéciale, on remarque le crapaud ibérique, endémisme ibérique dont 90% de la population se trouve en Andalousie, et considéré comme un indicateur de la qualité des rives.

Parmi les espèces caractéristiques des écosystèmes fluviaux, il faut mentionner la présence de la loutre et quelques amphibiens, reptiles, espèces de libellules et un nombre important de poissons, notamment la blennie fluviatile, le gardon, Cobitis paludica et Iberochondrostoma lemmingii.