El medio marino y el litoral andaluz destacan por su alta diversidad biológica y paisajística y su complejidad ecológica. Su situación geográfica favorece una gran riqueza de hábitats y especies, hecho que confiere a sus aguas y fondos marinos los mayores valores de biodiversidad de los mares europeos.
Con el objetivo de abordar de forma coordinada las actividades encaminadas a la conservación y desarrollo sostenible del litoral y fondos marinos, la Consejería pone en marcha en 2004 el Programa de Gestión Sostenible del Medio Marino Andaluz. Los trabajos se apoyan en un equipo técnico muy especializado, distribuido por las provincias litorales de Andalucía y coordinado de forma regional, con la intención de optimizar los recursos disponibles y garantizar resultados y tratamientos homogéneos para el conjunto del medio marino y litoral de Andalucía.
Dicho Programa después de estos años ha levantado: más de 2.500 citas de las 87 especies de invertebrados marinos recogidas en el Libro rojo de los invertebrados de Andalucía; ha cartografiado cientos de hectáreas de praderas de las 4 especies de fanerógamas presentes en el litoral sumergido andaluz; ha realizado más de 1000 avistamientos de cetáceos. En total el inventario de biodiversidad registra datos de más de 900 especies en las costas y el medio marino andaluz.
