La Consejería lleva a cabo diferentes actuaciones encaminadas a la mejora de los hábitats más amenazados o singulares.

Entre otras, se pueden destacar la conservación y puesta en valor de los bosques isla como refugio de biodiversidad y elementos clave para diversificar el paisaje agrario y aumentar la conectividad; o la conservación y restauración de los ámbitos semiáridos, entendido tradicionalmente como áreas marginales, pero que mantienen una singularidad y diversidad taxonómica, ecológica, geomorfológica y paisajística, que las convierte en zonas de gran importancia para la gestión del medio natural.

La restauración forestal sobre terrenos que han sufrido algún proceso de degradación, es otra de las líneas de actuación que restablece sus funcionalidades y favoreciendo su evolución dinámica hacia etapas más estables, efectuadas por ejemplo sobre humedales y riberas. Otras técnicas se dirigen hacia ecosistemas forestales singulares, como el pinsapar o el alcornocal, permiten preservar estas valiosas formaciones vegetales y fomentar su regeneración natural.

Una de las herramientas que se ha erigido como más efectiva para la gestión y conservación de hábitats y especies de interés, es el desarrollo informático de sistemas de información geográfica, aplicada con éxito en los ambientes litorales.