Cuatro de las ZEPIM declaradas en España están en Andalucía, siendo esta la comunidad con mayor número de espacios amparados bajo esta figura de protección. Excepto Fondos Marinos del Levante Almeriense, por su discontinuidad territorial, las otras tres ZEPIM son gestionadas por la comunidad autónoma.
Para su gestión y conservación, se encuentran incluidas íntegramente en la Red de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía (RENPA), en virtud del Decreto 95/2003, de 8 de abril.
| Nombre de la ZEPIM | Formulario de propuesta | Fecha de la última revisión | Plan de Gestión |
| Isla de Alborán y fondos marinos de su entorno | 2001 (9,04 MB) | 2019 (620 KB) | En elaboración |
| Cabo de Gata-Níjar | 2001 (9,7 MB) | 2019 (3,9 MB) | PORN y PRUG del Parque Natural Cabo de Gata-Níjar |
| Fondos Marinos Levante Almeriense | 2001 (8,3 MB) | 2019 (493 KB) | Plan de Gestión de la ZEC Fondos Marinos Levante Almeriense |
| Acantilados de Maro-Cerro Gordo | 2003 (7,5 MB) | 2021 | PORN del Paraje Natural Acantilados de Maro-Cerro Gordo |