La Consejería comenzó a realizar en 1996 un proyecto denominado "Caracterización y Cartografía de las Zonas Húmedas de Andalucía", que desde 1997 produce una importante información referida al estado de las zonas húmedas de la región.
Las informaciones espaciales y los datos analíticos obtenidos se integran, con otras múltiples informaciones del contexto circundante, en el sistema de información geográfico-ambiental de la Consejería y son utilizadas para la gestión y ordenación de estos humedales.
La finalidad de este proyecto es, además de un inventario actualizado a escala de detalle, y del conocimiento del estado de los humedales, el establecimiento de una red de vigilancia y control de la calidad ambiental de los mismos mediante el estudio de sus cuadros hidroquímicos y biológicos, a lo largo del tiempo y acorde con las orientaciones fijadas por la Directiva Marco 2000/60/CE de la política de aguas. Este hecho supone un modelo alternativo al sistema tradicional de control y vigilancia de la calidad de estos ecosistemas, ya que no se consideran esos parámetros como un elemento aislado, sino formando parte de un sistema más amplio de interacciones biofísicas que se expresan a diferentes escalas espaciales y temporales.
