Al Observatorio de El Pantalán se accede al final de un tramo de pasarela que sobrevuela la lámina de agua, en cuyo extremo se alza el observatorio. Se trata de un elemento cerrado, construido a modo de las tradiconales chozas de madera, brezo y espartina similares a las utilizadas por los antiguos habitantes del entorno. El Observatorio es el resultado de un proyecto de colaboración entre la Consejería de Medio Ambiente y la empresa Cepsa, propietaria de los terrenos donde se ubica el equipamiento y cuyo objetivo incluyó la recuperación y rehabilitación de la propia laguna y de su entorno. Y en el que además se incluye está incluido la adecuación de accesos, la creación de un itinerario botánico, la señalización naturalística y edición de material divulgativo y de educación ambiental, con un programa de visitas concertadas y guiadas orientadas fundamentalmente a los centros escolares y colectivos especiales.

La abundancia de vegetación perilagunar (álamos, tarajes, carrizos, eneas, juncos, castañuelas y retamas) y la calidad de las aguas del humedal sirven de refugio a numerosas especies de avifauna: garcilla cangrejera, focha común, aguilucho lagunero, pato cuchara, porrón pardo, ánade real, pato colorado, zampullín, somormujo, cormorán, garza real, garza imperial, garcilla bueyera, cigüeñuela, cigüeña blanca) son algunas de las especies más frecuentes en la zona, sin que pueda descartarse la presencia de otras más emblemáticas y raras: cigüeña negra, malvasía cabeciblanca, calamón, focha moruna, martinete o águila pescadora. Además no es infrecuente observar ejemplares de nutria que utilizan estas aguas como zonas de refugio y alimentación.