La ZEC Río Jándula ocupa una pequeña superfice de su cuenca de 77,13 hectáreas, distribuidas entre los términos municipales de Marmolejo y Andújar, en la provincia de Jaén. La principal función que realiza esta ZEC es la de corredor ecológico, al poner en contacto diferentes ecosistemas y contribuir a la conectividad de la red Natura 2000 y su coherencia. En este sentido, la ZEC Río Jándula linda con el lugar red Natura 2000 Sierras de Andújar.

Además de la ya indicada conectividad ecológica, las otras prioridades de conservación identificadas en el plan de gestión de este espacio protegido son algunos hábitats de interés comunitario ligados a medios acuáticos, así como la fauna piscícola presente en el mismo, también de interés comunitario. Entre los primeros se han identificado hasta 6 tipos de hábitats de interés. En cuanto a los peces, se ha identificado la presencia de las siguientes especies incluidas en la directiva Habitat: la colmilleja, la boga del guadiana, cacho y barbo gitano. Además, en otras zonas altas del río Jánduda no incluidas en el ámbito de la ZEC se ha constatado la presencia de la pardilla.

Con respecto al resto de fauna, hay que destacar que los ríos y arroyos constituyen un elemento esencial para el mantenimiento y conservación de numerosas especies que utilizan los cursos de agua como refugio, área de campeo y reproducción. En este sentido, cabe mencionar la presencia en este espacio de especies como la garza imperial, el búho real, el águila culebrera o el milano negro, entre otras.