La idea original de construir unas instalaciones médicas especializadas de este tipo surgió a finales de la década de los ochenta, ante la imposibilidad de salvar a los caballos que morían de cólico y otros problemas digestivos, y ante la casi inexistencia de centros dotados de personal y medios idóneos para este tipo intervenciones quirúrgicas, que por aquel entonces solo podían efectuarse en la Clínica de San Vicente del Raspeig, en Alicante.

No obstante, el verdadero detonante de la construcción de la clínica se produciría en 1988 con el fallecimiento del caballo Volapié, buque insignia de la Real Escuela, como consecuencia del brote de peste equina producido aquel año y de la consecuente orden de inmovilización de los animales, lo cual impidió su traslado al centro especializado de Alicante.

En 1990, la Clínica Hípica Andaluza fue inaugurada por el entonces presidente del Ilustre Colegio de Veterinarios, Juan Carrasco, y en junio de ese mismo año se realizó la primera intervención de urgencia en el recién construido quirófano del centro. En aquella operación actuó como primer cirujano el catedrático de Cirugía de la Facultad de Veterinaria de Córdoba, José Sanz Parejo.

Tras varios años de formación y especialización del personal y de acondicionamiento de las instalaciones, la Real Escuela Andaluza del Arte Ecuestre logró formar un equipo compuesto por dos veterinarios y cuatro oficiales auxiliares de clínica equina. Esta plantilla fija, que se encarga del funcionamiento del centro y de las labores más rutinarias, se amplía a cinco veterinarios y cinco auxiliares para los casos de cirugía abdominal.