La Consejería de Economía, Innovación y Ciencia surge de los anteriores departamentos de Economía y Hacienda y de Innovación, Ciencia y Empresa. Del primero de ellos recibe todas las competencias del área económica, salvo la gestión del Banco de Proyectos de Inversiones Públicas y de los ingresos provenientes de los fondos europeos y del Fondo de Compensación Interterritorial, que se atribuye expresamente a la nueva Consejería de Hacienda y Administración Pública.

Las restantes funciones son las procedentes de Innovación, Ciencia y Empresa, con la salvedad de la adscripción de las sociedades Cetursa Sierra Nevada, SA, y Promonevada, SA, que pasan a Turismo, Comercio y Deporte.

Los centros directivos de la nueva consejería son los mismos que ya existían en los dos anteriores departamentos, sin incremento de gasto ni de estructura administrativa. De este modo, el Organigrama queda como sigue:

Viceconsejería
Secretaría General de Economía
Secretaría General de Innovación
Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología
Secretaría General de Telecomunicaciones y Sociedad de la Información
Secretaría General de Desarrollo Industrial y Energético
Secretaría General Técnica
Dirección General de Política Financiera
Dirección General de Fondos Europeos y Planificación
Dirección General de Universidades
Dirección General de Investigación, Tecnología y Empresa
Dirección General de Servicios Tecnológicos y Sociedad de la Información
Dirección General de Industria, Energía y Minas
Dirección General de Economía Social y Emprendedores

Los entes instrumentales, que también mantienen sus estructuras y se adscriben a las distintas Secretarías Generales, son los siguientes: Agencia de Defensa de la Competencia de Andalucía; Instituto de Estadística de Andalucía; Agencia Andaluza de Promoción Exterior, Extenda; Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía; Agencia Andaluza de la Energía; Agencia Andaluza del Conocimiento; Sociedad Andaluza para el Desarrollo de las Comunicaciones, Sandetel; Red Corporativa de Telecomunicaciones de la Administración de la Junta de Andalucía; Red de Energía de la Administración de la Junta de Andalucía; Comisión Interdepartamental para la Sociedad de la Información; Comisión de Contratación de Bienes y Servicios Informáticos; Observatorio de la Calidad Industrial de Andalucía; Consejo Andaluz de Cooperación; Comité Andaluz para la Sociedad del Conocimiento; Observatorio de Innovación y Participación; Consejo Andaluz de Universidades, y Comisión Interdepartamental de I+D+i.