Economía, Innovación, Ciencia y Empleo modifica la estructura heredada de la anterior Economía, Innovación y Ciencia para incorporar competencias de la desaparecida Consejería de Empleo, salvo políticas migratorias (en Justicia e Interior) y Formación Profesional para el Empleo (en Educación).

El nuevo organigrama queda integrado por cuatro grandes áreas, coincidentes con otras tantas secretarías generales: Economía; Innovación, Industria y Energía; Universidades, Investigación y Tecnología, y Empleo.

Pese al incremento de funciones, se suprimen cinco altos cargos. Uno de ellos por la fusión de las antiguas secretarías generales de Desarrollo Industrial y Energético y de Innovación y Sociedad de la Información, y los cuatro restantes al asumir los servicios centrales de la Consejería la dirección de los siguientes organismos adscritos: Fundación Andalucía Emprende, Agencia Andaluza del Conocimiento, Instituto Andaluz de Prevención de Riesgos Laborales y Consejo Andaluz de Relaciones Laborales.

La nueva estructura orgánica se completa con tres cambios de denominaciones que afectan a las direcciones generales de Economía Social (antes de Emprendedores y Economía Social); Autónomos (antes Formación Profesional, Autónomos y Programas para el Empleo), y Telecomunicaciones y Sociedad de la Información (antes Servicios Tecnológicos y Sociedad de la Información). El organigrama de la Consejería queda de la siguiente forma:

-Viceconsejería

-Secretaría General Técnica

-Secretaría General de Economía

-Dirección General de Fondos Europeos y Planificación

-Dirección General de Economía Social

-Dirección General de Autónomos

-Secretaría General de Innovación, Industria y Energía

-Dirección General de Telecomunicaciones y Sociedad de la Información

-Dirección General de Industria, Energía y Minas

-Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología

-Dirección General de Universidades

-Dirección General de Investigación, Tecnología y Empresa

-Secretaría General de Empleo

-Dirección General de Relaciones Laborales

-Dirección General de Seguridad y Salud Laboral

Servicio Andaluz de Empleo

-Dirección-Gerencia (ejercida por la persona titular de la S.G. de Empleo)

-Dirección General de Calidad de los Servicios y Programas para el Empleo.

Organismos adscritos: Agencia de Defensa de la Competencia de Andalucía; Instituto de Estadística y Cartografía de Andalucía; Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía; Agencia Andaluza de Promoción Exterior SA (Extenda); Andalucía Emprende, Fundación Pública Andaluza; Agencia Andaluza de la Energía; Agencia Andaluza del Conocimiento; Instituto Andaluz de Prevención de Riesgos Laborales; Consejo Económico y Social de Andalucía; Consejo Andaluz de Relaciones Laborales y su Sistema Extrajudicial de Resolución de Conflictos Laborales de Andalucía (Sercla); Sociedad Andaluza para el Desarrollo de las Telecomunicaciones, SA (Sandetel); Red Corporativa de Telecomunicaciones de la Administración de la Junta de Andalucía; Red de Energía de la Administración autonómica (Redeja); Observatorio de la Calidad Industrial de Andalucía; Comité Andaluz para la Sociedad del Conocimiento; Consejo Andaluz de Universidades; Comisión Interdepartamental de I+D+i, y Comisión Interdepartamental para la Cultura Emprendedora.