Durante la ejecución de las obras del tranvía de Jaén, sobre todo durante la fase de movimiento de tierras y excavación, ha sido continua la supervisión y vigilancia arqueológica, lo que ha permitido catalogar hallazgos en varias zonas de la capital. El más sorprendente ha sido el localizado en la Carretera de Madrid, a la altura de la Antigua Escuela Acelerada, con varias tumbas vacías del periodo Calcolítico (entre los años 2500 y 1800 a. C), aunque más como anécdota que por su valor en sí.

Todos los hallazgos han sido catalogados como menores y no han supuesto una modificación de la infraestructura, pero permiten conocer mejor la evolución que ha sufrido Jaén como asentamiento en las distintas épocas. Así, en el Paseo de la Estación se ha hallado una almunia islámica, es decir, una finca de recreo construida en dos fases, la Califal (siglos X-XI) y la Almohade (siglos XII-XIII).

Entre la Plaza de los Perfumes y la rotonda de Jaén por la Paz hay fragmentos de la Edad del Cobre, además de una estructura hidráulica romana y restos de la antigua estación de ferrocarril. A ellos se suma una zona residencial califal asentada sobre estructuras prehistóricas que forman parte de la gran aldea de Marroquíes Bajos.

En Doctor Eduardo García-Triviño se ubican los desagües de la ciudad y deterioradas estructuras destinadas a casas en el Calcolítico (misma época que las tumbas vacías localizadas en Carretera de Madrid). Además, se han localizado cinco cabañas asociadas a usos funerarios, donde los cadáveres se enterraban sentados, rodeados de restos de animales. Hay una necrópolis de nueve metros de diámetro que, al parecer, es la más grande de todas las catalogadas en el área de influencia de Marroquíes Bajos.

En la última zona, donde se construyó el parking disuasorio, se descubrió también una estructura hidráulica romana. Hallazgos que van acompañados de innumerables piezas menores.