Esta reserva natural cuenta con una colonia de reproducción de flamencos.

La conservación de la colonia de reproducción de flamencos fue uno de los objetivos de la declaración de esta reserva natural, alcanzada gracias a medidas adoptadas por la Junta de Andalucía, como la conservación del hábitat y el Programa de Anillamiento de Flamencos. Esta iniciativa ha permitido, hasta la actualidad, el anillamiento de más de 17.032 pollos y 208 adultos, de los cuales se han realizado 131.506 recuperaciones distribuidas por todos los países del Mediterráneo y África Noroccidental.

Además, este programa ha permitido conocer los aspectos claves de la biología de los flamencos y adoptar las medidas necesarias para la conservación de Fuente de Piedra y del resto de humedales andaluces.

A principios de abril de 2013, los flamencos comenzaron las prospecciones sobre distintos islotes de los Canchones del Suroeste, las únicas tierras emergidas en el vaso lagunar con un nivel de agua elevado (1,5 metros). A mediados de ese mismo mes, se establecieron las primeras parejas de la laguna y se registraron las primeras puestas. Más tarde, llegaron nuevos ejemplares a la reserva natural hasta ocupar ocho núcleos coloniales.