La estación El Perchel es el punto donde confluyen las líneas 1 y 2 del metro, pero es además un intercambiador modal de transporte al encontrarse ubicada entre la estación de trenes María Zambrano, donde se podrá conectar con la red de Alta Velocidad, Larga Distancia, Media Distancia y Cercanías, y la estación de autobuses interurbanos de Málaga.

La conexión de los recintos se hace mediante un conjunto de escaleras mecánicas reversibles, lo que otorga su carácter de intermodalidad al permitir al usuario de forma directa utilizar todos los sistemas de transportes que conforman la oferta en la zona. Además, al confluir las líneas 1 y 2 del metropolitano malagueño en la estación El Perchel, se podrá acometer transbordo entre ambas líneas en esta estación y sin necesidad de cambiar de andén. Esto último es posible gracias a la denominada solución C-Plus, una obra de ingeniería altamente ventajosa para los usuarios del metro, ya que aporta comodidad y rapidez en los desplazamientos, al evitar que los trasbordos tengan que hacerse en distintos niveles de andén.

La estación El Perchel también dispone de una boca de acceso y salida ubicada junto a la estación de autobuses interurbanos, concretamente en la calle Roger de Flor, lo que posibilita el intercambio con este medio de transporte de forma, cómoda, rápida y sencilla.